Czy to była słuszna decyzja, a może…
6 grudnia 2006 papież Benedykt XVI podniósł go do godności arcybiskupiej i mianował metropolitą warszawskim. 5 stycznia 2007 przejął kanonicznie w obecności kolegium konsultorów powierzoną mu archidiecezję warszawską
W dniu zaplanowanego ingresu do warszawskiej archikatedry, 7 stycznia 2007, zrezygnował z funkcji metropolity warszawskiego. Zamiast ingresu, na który do katedry przybyły tysiące wiernych z całej Polski oraz wielu gości oficjalnych, odbyła się msza dziękczynna za 25-letnią posługę dotychczasowego metropolity, kard. Józefa Glempa.
Rezygnacja Wielgusa wynikała z faktu pojawienia się w mediach zarzutów o współpracę ze służbami PRL (tzw. sprawa TW Greya). Zarzuty te zostały potwierdzone przez Kościelną Komisję Historyczną. Papież rezygnację przyjął, powierzając kierowanie archidiecezją warszawską kard. Glempowi do czasu podjęcia dalszych decyzji. Od tego czasu Wielgus jest arcybiskupem seniorem warszawskim i arcybiskupem tytularnym Viminacium. Zarówno jego nominacja, jak i rezygnacja wywołały debaty publiczne i szeroko odbiły się w mediach w Polsce i za granicą.
12 lutego 2007 Benedykt XVI listownie zapewnił go o "duchowej bliskości i braterskim zrozumieniu". Papież wyraził też zachętę, by na nowo podjął on pracę na rzecz Kościoła i udzielił hierarsze "szczególnego błogosławieństwa apostolskiego"
13 lutego 2007 Wielgus złożył do Sądu Lustracyjnego wniosek o przeprowadzenie procesu autolustracyjnego. 10 października m.in. z powodu opieszałości sądu, który przez ponad pół roku nie mógł rozpocząć rozprawy, oraz ze względu na pogarszający się stan zdrowia abp Wielgus, "przedkładając dobro Kościoła nad dobro własne", poinformował o rezygnacji z procesu autolustracyjnego.
Homilia JE ks. apb Stanisława Wielgusa.
Metropolitą Warszawskim został Kardynał Kazimierz Nycz, który umył ręce w sprawie krzyża, Księdzu Stanisławowi Małkowskiemu groził obłożeniem karą suspensy za posługę duszpasterską pod krzyżem, a 10 kwietnia ma zamiar ogłosić koniec żałoby… 🙁
Najwiekszym zlem, na które cierpi swiat, to nie sila zlych, lecz slabosc dobrych - Charles Louis Montesquieu